Mười năm trước, nhà khoa học độc ác Tiến sĩ Hell đã lãnh đạo những thuộc hạ độc ác của mình, được gọi là Đế chế ngầm, trong một cuộc đấu tranh để tiêu diệt toàn bộ nhân loại. Người anh hùng trẻ tuổi Koji Kabuto đã chiến đấu chống lại những thế lực này, điều khiển siêu robot huyền thoại "Mazinger Z". Chiến thắng của Koji đã ngăn chặn kế hoạch xấu xa của Tiến sĩ Hell và trả lại hòa bình cho Trái đất. Giờ đây, Koji đã bỏ lại ghế phi công và trở thành một nhà khoa học theo đúng nghĩa của mình, tiếp bước cha và ông nội. Tuy nhiên, một cuộc chạm trán bất ngờ sâu dưới núi Phú Sĩ đã gây ra một mối đe dọa thậm chí còn lớn hơn bao giờ hết đối với nhân loại và thay đổi vận mệnh của Koji mãi mãi. Nắm trong tay số phận của nhân loại, Koji và Mazinger Z phải đối mặt với sự lựa chọn giữa thiện và ác.
