Một thế giới ảo được tạo ra bởi mạng ngày nay được gọi là "Thế giới số". "Quái vật kỹ thuật số", là một đối tượng sống kỹ thuật số, đã ra đời và máy tính chủ Yggdrasil quản lý các khu vực Thế giới kỹ thuật số khác nhau. Tuy nhiên, nó đã phát triển Chương trình sợ hãi X để loại bỏ tất cả Digimon trong thế giới cũ và phát triển Thế giới kỹ thuật số mới cho chỉ một số Digimon nhất định. Giờ đây, cuộc khủng hoảng lớn nhất từng đến gần Thế giới kỹ thuật số. X-Digimon, một loại Quái vật Kỹ thuật số mới, bị săn đuổi bởi các Hiệp sĩ Hoàng gia, những người bảo vệ Thế giới Kỹ thuật số. Chủ nhân của họ, người giám sát mạng Yggdrasil, tìm cách khởi động Dự án Ark để đổi mới Thế giới kỹ thuật số và tạo ra Digimon mới, nhưng phải trả giá bằng tất cả cuộc sống kỹ thuật số khác. X-Digimon mới này sẽ tìm kiếm câu trả lời cho sự tồn tại của chính nó khi nó cố gắng bảo vệ sự sống của tất cả các Digimon.
