Năm 2199 sau Công nguyên. Yamato đã cố gắng bỏ lại thiên hà Đám mây Magellan Lớn sau khi nhận được "Hệ thống đảo ngược vũ trụ" tại điểm đến Iscandar. Tuy nhiên, đột nhiên, họ chạm trán với một nhóm bí ẩn ở rìa Đám mây Magellan Lớn. Phi hành đoàn phát hiện ra rằng nhóm này được gọi là "Gatlantis" và thủ lĩnh của nhóm là chỉ huy lực lượng viễn chinh Gutaba tự gọi mình là "Goran Dagaamu of Thunder". Chỉ huy yêu cầu giao nộp Yamato cho mình. Yamato, muốn nhanh chóng đến Trái đất, đã trốn thoát khỏi cuộc chiến. Tuy nhiên, Yamato bị tấn công bởi một vũ khí chùm tia tàn phá có tên là "Pháo tấn công trực tiếp ngọn lửa" có thể vượt qua không gian.Yamato đã có thể rút lui, nhưng cuối cùng lại bị lạc và thấy mình đang ở trong một chiều không gian bất thường có màu sắc kỳ lạ. Phi hành đoàn quyết định tắt động cơ trên tàu và khám phá một hành tinh bí ẩn. Để thu thập thông tin, Kodai, Kiryū, Sawamura, Niimi và Aihara đã hạ cánh xuống hành tinh này. Những gì họ nhìn thấy khi đến nơi là một con tàu không được cho là ở đó.Dagaamu đuổi theo dấu vết của đường cong của Yamato, và cũng đến được không gian có màu sắc kỳ lạ. Hành tinh mà Yamato hạ cánh thực chất là thứ mà Dagaamu đã tìm kiếm bấy lâu nay.